A Bandeira Municipal de Bom Jesus é composta por cinco cores abaixo especificadas:
Verde Médio: o verde é a cor que constui a Bandeira do Estado de Santa Catarina. Verde é o símbolo da esperança, que todos têm para com o desenvolvimento e progresso do município.
Amarelo: o amarelo é a cor que simboliza as riquezas existentes no Município. Riquezas minerais, animais e vegetais, contidas no solo e subsolo de Bom Jesus.
Vermelho: o vermelho é a cor que simboliza força, braveza e coragem.
Azul Celeste: o azul representa o céu, nascentes hidrominerais, rios e afluentes.
Branco: há um círculo branco no centro da bandeira onde está estampado o Brasão Municipal.